MolEX 更新日志
MolEX 每次上线的新功能、体验优化与问题修复。
v0.2.0-rc6.16 ·
会话可归入项目统一管理：项目内共享文件、编写说明，新会话还能引用项目里的历史讨论。
新功能
- 项目管理：会话侧栏可创建、重命名和删除自己的项目，会话可归入项目、跨项目移动或移回未分组，展开项目后可在组内直接新建会话；删除项目后会话保留并回到未分组。
- 侧栏浏览：侧栏不再只显示前 50 条，可分页查看全部项目；支持按项目名称、会话标题搜索全部会话，项目可置顶，折叠与置顶偏好刷新或换浏览器后保留。
- 项目文件：同一项目里可以浏览、预览其他会话的文件，另存为项目文件后跨会话复用，不必重复上传；支持搜索、筛选和版本编辑，任务运行期间使用的输入不受来源文件改动影响。
- 项目说明：可以在项目里写一份说明，同一项目下的所有会话每轮都会参考最新内容，修改后从下一轮对话生效；说明可创建、预览、编辑、清空和删除。
- 跨会话检索：项目里的新会话可以检索并引用同项目其他会话的讨论内容作为回答依据，点击引用可在当前页面内预览原文，不打断当前会话。
- 资源统计：个人工作台新增资源统计，可查看 Tokens 用量、GPU 和 CPU 模型调用次数、工作区文件占用大小，支持按 7、30、90 天切换；任务概览补充平均耗时并自动刷新。
- 资源配额：每位用户有 GPU 月度时长和同时运行 GPU 任务数的上限，超出的任务会排队并显示等待原因；设置页可查看本月的实际使用时长。
- 技能命令：在输入框输入斜杠可唤起技能菜单，所选技能以徽标插入消息、可整段删除，一条消息可指定多个技能，模型会按所选技能执行。
- 功能卡片：点击首页功能卡片会自动携带演示附件并预填场景化提示词，附件可见、可移除，随首条消息一起发送，切换卡片时自动替换。
- 多组学文件格式：新增支持 .rar、.npy、.npz、.maf、.gef、.gem、.xenium、.qptiff、.czi、.svs、.ndpi 等格式。
- 结构属性面板：可切换查看会话中的不同结构文件，查看器与接触图始终使用同一当前文件；面板展示链编号、残基数、原子数、分子量等八项指标，缺失数据显示为 N/A。
体验优化
- 多组学审批：普通对话中运行多组学分析不再需要审批，任务可直接执行；同一批次里的其他模型分析仍需审批，全部完成后才会开始。
- 空间组学数据加载：使用经典 Visium 数据文件时，模型会正确重建目录结构并完成加载，不再因文件摆放方式出错。
问题修复
- 修复登录会话过期后在聊天中发送或继续回复无响应的问题，现在会自动刷新登录并重发一次，无法恢复时给出明确的过期提示。
- 修复模型调用出现一次临时故障后、会话后续每一轮都持续报错只能新开会话的问题。
- 修复所选思考档位被下架后发送消息持续失败的问题，现在会自动回退到默认档位并提示重发。
- 修复会话中途换模型后继续旧会话时历史推理内容处理不当、可能报错的问题，暂不支持的模型组合会明确提示新开会话；续跑、重放和工具重试继续使用开始时的模型。
- 修复多组学上传的归档文件名含特殊字符时无法正确读取、多个样本压缩包中同名文件互相覆盖的问题。
- 修复定时任务跨会话记忆不生效、记忆文件损坏导致任务一直卡在运行中的问题；未实际产出的回合会重试并在失败时通知，暂停的任务不再被自动重新启用或重复执行。
- 修复任务面板在数据连接繁忙时进度暂时失败、需要刷新页面的问题，现在会自动重试并恢复，错误提示简短可读，不再残留「数据连接繁忙」的提示。
- 修复在项目里新建会话后切换工作模式丢失项目选择、Design 模式下上传结构创建的会话不归入所选项目的问题。
- 修复了已知问题。
v0.2.0-rc6.15 ·
BoltzGen 支持以上传的结构文件作为模板进行设计。
新功能
- BoltzGen 模板设计：可以上传结构文件作为模板进行设计，模板会按结构文件同样的规则校验。
体验优化
- 模型切换提示：切换模型或档位后的提示改为右下角的全局提示样式，与聊天中的其他提示一致。
问题修复
- 修复 GLM 思考模式下多轮对话或工具调用后继续追问时报错中断的问题。
- 修复 BoltzGen 生成的 .cif 结构文件上传时报错、无法在 Design 模式使用的问题，现在可正常上传、展示并选择残基，结构信息不完整的文件也不再报结构为空。
- 修复上传的 CIF 结构被改写成 PDB、无法作为模板结构在聊天中使用的问题；支持 CIF 的模型收到的文件现在保留原始残基编号。
- 修复回答里的文件下载按钮在根目录文件、含空格或中文的文件名下不显示的问题；任务产出新文件后按钮会及时出现，外部链接旁不再误显示下载按钮。
- 修复多组学任务上传的文件显示为无意义编号的问题，现在显示原文件名；任务输入也可直接使用工作区里的文件路径。
- 修复任务时长把排队时间也算在内、显示偏大的问题，现在只统计实际执行时间；缺少起止时间的任务不再显示估算的秒数。
- 修复多组学任务复制数据后进度偶尔一直停留在「复制中」、或复制完成后状态又跳回「复制中」的显示问题。
v0.2.0-rc6.14 ·
新增科学数据检索：会话可直接查 PubMed、UniProt、AlphaFold 等 40 余个文献、结构与组学来源。
新功能
- 科学数据检索：会话中可直接检索 UniProt、PubMed、AlphaFold 等 40 余个来源，涵盖文献、化合物、蛋白结构、通路与组学，结果附来源、摘要与许可证信息。
- 科学文件下载：支持从 PubChem、KEGG、UniProt、RCSB、AlphaFold、Ensembl 等来源下载结构、序列等文件，文件会经过格式与大小校验。
- 模型列表：聊天和模型设置页改为显示平台已启用的模型及各自能力，思考档位按各厂商原生命名显示，可直接选择。
体验优化
- 模型选择：输入框的模型与推理强度合并为一个设置菜单，选择会被记住；未手动选择时使用平台默认模型，所选模型下架后自动回落到默认。
- 文件上传：新增支持 .h5ad、.bam、.vcf、.bed、.gtf、.rds、.h5seurat 等组学、归档与 Seurat 格式，不支持的格式会即时提示。
- 知识库：索引新增状态标识，可查看是否可用、是否需要重建；更换向量模型后需全量重建一次，模型不可用时会明确提示。
- 科学文件处理：模型对可用的文件格式了解更完整，处理 PubChem、KEGG 等来源的检索与下载结果时能更准确地按需选择格式。
- 图片与视频分析：视觉模型未配置或配置调整时给出明确提示，不再悄悄改用其他模型；排队中的任务如遇配置调整会提示重新提交。
问题修复
- 修复 Design 模式下折叠 Copilot 面板后保存反复失败、无法切换设计历史或返回聊天的问题。
- 修复组学分析任务取消后仍出现结果文件的问题；运行失败的任务现在也能保留已完成部分的输出。
- 修复了已知问题。
v0.2.0-rc6.11 ·
多个会话可同时运行且互不干扰，切换或刷新页面后任务仍继续执行。
新功能
- 序列展示：对话回复里的长氨基酸或核酸序列自动显示为带复制按钮的单行代码框，方便阅读和复制。
- 拖拽上传附件：在问答和智能体会话中，把文件拖到页面任意位置即可加入附件；各会话的未发送附件互不干扰，切换后再切回仍保留。
- 上下文压缩提示：长对话触发自动上下文压缩时，聊天区会显示进度提示，完成后自动消失；压缩摘要只供模型继续使用，不出现在聊天记录里。
体验优化
- 多会话并行：多个会话可同时运行并随时切换或刷新，历史消息、审批、文件和任务状态不会串到别的会话；重新打开页面会回到最后使用的会话。
- 任务持续执行：会话中发起的任务在切换会话或刷新页面后仍继续执行，回到会话时自动补齐错过的内容；同一消息重复提交不再产生重复任务。
- 思考中指示器：Agent 模式生成回答时，原来的红色「停止生成」按钮改为跳动的「思考中」指示器，仍可通过输入框的发送按钮停止生成。
- 输入框高度：聊天输入框最多显示 5 行，更长内容改为内部滚动，不再撑大页面，发送或清空后高度自动复位。
- 模型选择简化：输入工具栏移除「自动」模型菜单，界面更简洁；发送消息自动使用默认模型，行为与之前一致。
- 欢迎页卡片：「多组学分析」卡片不再显示「敬请期待」，改为列出支持的分析，包括空间转录组、单细胞转录组、RNA 动态与拟时序、基因调控网络、细胞间通讯和扰动建模。
问题修复
- 修复发送失败后界面上残留看似已发送的消息的问题，失败的消息会被撤回，新建会话回到干净的空状态，已发送成功的历史消息不受影响。
- 修复点击停止后只停止单个任务的问题，现在会一并停止当前任务发起的所有模型计算，其他会话和历史任务不受影响。
v0.2.0-rc6.10 ·
单次会话中模型与工具的调用上限提高，长链路的生信分析不再中途停止。
体验优化
- 会话调用上限：单次会话中模型与工具的调用上限提高，长链路的生信分析可以在同一会话里完成，不再提前停止。
问题修复
- 修复抗体与蛋白设计任务中同时指定表位约束与保留柔性区域时请求被拒绝的问题，两类约束现在可以同时生效。
v0.2.0-rc6.9 ·
任务进度与通知实时更新，并修复切换账号后历史加载失败、长回复中断等问题。
体验优化
- 附件上传反馈：欢迎页上传附件时，发送按钮会显示加载状态并暂时不可点击，避免重复发送。
- 工作区文件浏览：目录树按需加载，展开时才读取内容，打开工作区更快、更流畅。
问题修复
- 修复一项安全问题。
- 修复切换账号后进入会话时误加载前一个账号的会话、导致会话历史加载失败的问题；切换账号后未发送的草稿和待上传附件会清空，从新会话开始。
- 修复消息发送或回复出错时正在查看的历史对话被清空的问题，出错后聊天记录保持不变。
- 修复长回复密集输出时对话可能中断的问题，流式回答现在更稳定。
- 修复任务进度在仪表盘和当前会话中不实时更新、切换会话或快速操作时偶尔显示旧状态的问题；实时通知连接断开后会自动重连，页面不再偶发无法访问。
- 修复实验结构（晶体、NMR、SAXS 等）错误显示 pLDDT 置信度的问题，这类结构现在显示平均 B 因子和分辨率；预测结构的 pLDDT 显示不受影响。
- 修复审批卡片确认和取消点击无效、卡片反复重新出现的问题；结构生成工具收到纯序列输入时会提示先完成折叠，不再返回报错。
- 修复续跑、重放和工具重试因历史会话的模型信息缺失或过期而报错的问题，这些操作现在使用当前设置的默认模型。
- 修复了已知问题。
v0.2.0-rc6.8 ·
问题修复
- 修复了已知问题。
v0.2.0-rc6.5 ·
新增分子设计工作台：上传蛋白结构、提交 FoldX 突变计算并查看 ΔΔG，即可完成单点突变设计闭环。
新功能
- 分子设计工作台：左侧查看蛋白结构、右侧使用设计助手，可上传本地结构文件；选择残基提交 FoldX 突变计算并查看 ΔΔG，可在结构中叠合对比、接受或拒绝候选突变，设计状态自动保存并可恢复。
- 结构树工作区：Design 模式加载结构后可在左侧展开结构树，显示、隐藏或删除派生的组件、表示和候选结构；结构查看器支持一键全屏。
- 回答反馈：对最终回答可以点赞或点踩，重新打开历史会话后状态会恢复显示。
- 知识库引用：回复中引用知识库内容时会显示可点击的引用标记和来源列表，方便查看原文出处，流式输出中不再显示临时符号。
- 图片产物：聊天中生成的图片可作为产物发布并在会话中查看，支持 PNG、JPEG、WebP 与 GIF，产物以紧凑卡片展示，可翻页和全屏预览。
- 用量趋势：设置页新增「用量」页面，可查看模型用量的日与周趋势、按模型筛选，成本未知时会明确标注。
- 运行环境信息：可以查看自己能否使用沙箱环境及资源上限，常用磁盘路径统一映射到个人工作区。
- 知识库编辑：知识库可以修改名称和描述，不必删除后重建，卡片、列表和详情页均提供编辑入口。
- 多工具服务：对话中可同时使用来自多个外部工具服务的已审核工具，单个服务异常时其余工具仍可正常使用。
- 结构预测模型：RoseTTAFold2 恢复多链复合物支持并延长检索时间上限，ColabFold 上传多条序列时会为全部序列给出结果。
- 在线环境保留：在线期间个人运行环境不再被闲置回收，关闭全部页面后也保留一段宽限期。
体验优化
- 模型选择：从系统统一维护的模型目录中选择，范围更明确；任务恢复或重试时若所选模型已不可用会明确提示，不会静默切换。
- 知识库回答：回答参考完整的检索内容，不再每个来源只截取固定长度，列出的来源与实际参考内容一致。
- 实验环境状态：环境启动或停止期间发送消息会收到「正在启动」或「正在停止」的明确提示；期间不依赖环境的普通问答仍可正常使用。
- 通知与任务状态：通知和活动任务的状态实时更新，断线后会自动恢复并补齐。
- 插件升级：升级改为确认后完整覆盖，升级前会提示覆盖内容不会被自动合并或备份，失败时自动恢复旧版本。
- 登录与注册：表单空提交时逐字段提示缺少的内容并自动聚焦；错误提示出现时布局不再跳动，验证码发送按钮移到输入框右侧。
- 全局搜索文件：点击「文件」搜索结果会直接打开工作区并定位、预览该文件。
- 知识库公开确认：将知识库公开前会先弹出确认，误点不再导致知识库立即对所有用户可见。
- 智能体策略：智能体反复用同一工具做低效探索时会收到引导性提醒并及早更换策略，减少无效调用与等待。
- 欢迎页：新增多组学分析占位卡片（敬请期待），移除蛋白-配体结合分析卡片。
问题修复
- 修复一项安全问题。
- 修复使用输入法时按回车确认候选词会直接把消息发送出去的问题。
- 修复单次工具调用输出过大时占满对话上下文、导致后续长时间无法正常使用的问题，超长输出会被截断。
- 修复刷新或重新进入需要人工确认工具的会话时报冲突错误的问题，仍会接回原运行并保留历史；同时修复会话加载出错时历史被清空、澄清问题提交失败被误显示为已取消的问题。
- 修复文件编辑器在关闭、切换文件或离开页面时未提示就丢弃未保存改动的问题，现在会先询问保存、丢弃还是取消。
- 修复沙盒内无法继续编辑或写入对话中生成文件的问题；取消后工具操作不会再继续执行，进度和错误提示也会正确显示在对话界面。
- 修复知识库相关的多个问题：连点创建按钮不再生成重复的同名知识库，名称过长会明确报错并限制 200 字符，分块重叠大于等于分块大小时会拒绝并提示。
- 修复设置页的多个问题：恢复默认值后立即生效，未保存修改离开会先提醒，部分账号个人信息页面加载失败的问题也已解决。
- 修复了已知问题。
v0.1.0-rc5 ·
新增知识库与定时任务：文档可上传、检索问答，任务可按周期或指定时间自动执行。
新功能
- 定时任务：支持按周期重复执行或在指定时间单次执行，每次执行有独立的历史记录和会话回放，完成后通过站内与飞书通知提醒。
- 知识库：可上传文档做检索问答，全文查看与下载，并设置为公开或私有；他人公开的知识库带共享标识、不可编辑，列表与详情页全新设计。
- 结构可视化：序列与三维结构联动，点击序列中的残基即可高亮对应位置并显示编号；图谱新增距离图与接触图热图，可切换模式、调节阈值并导出图片。
- 设置页：新增设置页集中管理个人偏好，各板块分别保存，未保存的修改会提示并可丢弃；个人资料页现在展示邮箱和电话。
- 模型服务密钥：可在设置页保存、删除密钥并检测是否有效，保存后只显示部分内容。
体验优化
- 模型参数：每个可调参数都有明确的默认值和取值范围，并在运行时实际生效；模型列表新增能力简介，参数说明更准确。
- 参数确认卡片：高级参数按分组折叠展示，含必填项的分组自动展开，隐藏参数不再显示，参数多的模型更容易浏览。
- 生信模型：模型中心并入流程编排，模型在下拉中选择，已停用的模型置灰标注且不可选；界面统一以通用类别显示模型名，可切换回原始名称。
- 小分子输入：支持 InChI、SMILES 及 .sdf、.mol、.mol2 等更多格式，结构文件按内容识别格式，校验更完整、提示更清楚。
- 执行过程：执行计划与工具调用的每一步现在会展示模型附带的说明文字，并按富文本渲染。
问题修复
- 修复部分对话因模型输出异常持续报错、无法继续使用的问题，受影响的对话下次使用时会自动恢复。
- 修复部分模型的工具调用以明文出现在回复中、导致功能无法执行的问题。
- 修复部分 CPU 计算任务因启动失败而无法运行的问题。
- 修复一项安全问题。
- 修复上传仅含坐标、缺少其他信息的 CIF 结构文件时程序崩溃的问题。
- 修复 PDB 搜索中使用排除词必然报错的问题，现在也可以只用包含词或物种条件搜索。
- 修复不合法的结构文件或模型参数要到任务运行中途才失败的问题，现在提交前就会收到明确提示。
- 修复会话回忆内容无法预览或下载、未完成的思考或工具卡片在发送新消息后短暂错误展开、无结构时结构查看器仍显示旧结构的问题。
- 修复了已知问题。
v0.1.0-rc4 ·
MolEX 首个版本上线：支持问答与智能体两种会话模式，断线后任务自动恢复。
新功能
- 会话模式：新增问答与智能体两种模式，可按会话选择，会话内保持不变。
- 智能体回复：回复以卡片展示，推理过程按时间线呈现，工具调用可展开查看输入与输出，失败结果红色高亮。
- 断线恢复：断网或刷新页面后重连，正在执行的任务自动恢复继续，不会重复已发起的操作；待审批操作集中展示，重连后审批状态保留。
体验优化
- 序列比对：计算更快，包含序列比对的任务整体耗时随之降低。
问题修复
- 修复 Boltz2 结构预测任务运行失败的问题。
- 修复部分配体结构信息缺失导致任务出错的问题。